Obtenção de fragmentos derivados de transcritos diferencialmente expressos em raízes de cana-de-açúcar submetida à inoculação com bactérias diazotróficas

Resumo

Parte do nitrogênio utilizado pela cana-de-açúcar pode ser obtido através da associação com bactérias endofíticas diazotróficas.  Muitos estudos, auxiliados por ferramentas genomicas, tem sido empregadas para entendimento desta interação. Este trabalho tem como objetivo identificar genes diferencialmente expressos em raízes de cana-de-açúcar (variedade RB867515) em resposta à inoculação com cinco bactérias endofíticas diazotróficas (Gluconacetobacter diazotrophicus, Herbaspirillum seropedicae, Herbaspirillum rubrisubalbicans, Azospirillum amazonense, Burkholderia tropica). O RNA total foi extraído de cana-de-açúcar cultivada em condições de campo 11 meses após a inoculação e o cDNA sintetizado foi clivado com as endonucleases de restrição EcoRI/MseI e utilizado em reações de cDNA-AFLP. Para a reação de pre-amplificação foram utilizados os iniciadores EcoRI+A e MseI+C, e o produto amplificado foi diluído 5 vezes e utilizado para amplificação seletiva com 32 combinações de iniciadores. Apesar do número elevado de iniciadores empregando os Fragmentos Derivados de Transcritos gerados a partir da amplificação seletiva mostrou um elevado número de fragmentos monomórficos e polimórficos o que dificultou o isolamento dos fragmentos de interesse. Contudo, o emprego de duas bases seletivas nos iniciadores pode ser necessário para a determinação de um menor número de fragmentos.