Identificação in silico de genes especificos em raízes de feijão fradinho.

Resumo

As raízes das plantas contêm regiões específicas muito importantes para o desenvolvimento vegetal, sendo estas responsáveis pela assimilação de nutrientes, pela interação com os microrganismos presentes no solo, e pela secreção de compostos relacionados a defesa da planta contra inúmeros organismos. Estudos in silico, permitem agilizar a prospecção de novos genes, pois dispensam experimentos in vivo e in vitro em fase inicial. O objetivo deste trabalho foi identificar genes expressos exclusivamente em raízes de feijão fradinho (Vigna unguiculata). Para tal, foi realizado um processo de mineração no UniGene de V. unguiculata, utilizando a plataforma DDD (Digital Differential Display). Inicialmente, 34 sequências foram selecionadas em raízes de V unguiculata e foram comparadas com sequências do Banco de Dados de soja utilizando o programa, BLASTn, com o objetivo de encontrar seus possíveis ortólogos. Estes foram então analisados pela plataforma Genevestigator, o que permitiu avaliar o padrão de expressão a partir de centenas de experimentos de microarranjo já existentes. Apenas cinco sequências que apresentaram elevada expressão em raiz foram selecionadas para alinhamento entre as sequências de V. Unguiculata e soja, realizada programa ClustalW, para o posterior desenho de iniciadores específicos para as regiões conservadas. Estes serão validados em feijão comum, com objetivo de caracterizar e isolar promotores tecido especificos, subsidiando os programas de melhoramento genético vegetal.