Análise da diversidade bacteriana associada a raízes de Paspalum regnellii baseada em Sequenciamento de Nova Geração (NGS)

Resumo

O Brasil é atualmente o segundo maior produtor e o maior exportador mundial de carne bovina, sendo que quase que toda a sua produção tem como base as pastagens. Este fato faz com que os pastos sejam um ponto fundamental na pecuária nacional, principalmente quando se pensa no aumento da produtividade. Uma característica relevante nas pastagens brasileiras é a substituição do uso de pastagens naturais por pastagens plantadas e, inclusão de espécies pertencentes ao gênero Paspalum no leque de opções para a implantação de uma pastagem, uma vez que esta forrageira apresenta um elevado grau de adaptabilidade aos diversos ecossistemas brasileiros. É sabido que as gramíneas forrageiras, incluindo Paspalum, apresentam uma associação rizosférica e/ou endofítica com bactérias promotoras de crescimento vegetal (BPCV) e, que os resultados positivos desta associação podem auxiliar tanto no processo de estabelecimento quanto na manutenção das pastagens, evitando deste modo o processo de degradação das mesmas. Diante disso, conhecer a comunidade bacteriana contida nos solos e/ou em associação com raízes de gramíneas forrageiras seriam uma estratégia sustentável para o incremento de produtividade nas pastagens. Sendo assim, o presente trabalho tem por objetivo caracterizar a diversidade bacteriana associada as raízes de Paspalum regnellii cultivado sob diferentes formas de manejo empregando estratégia independente de cultivo. Para tal, o DNA total foi extraído com o kit Fast DNA Spin Kit for Soil das 27 amostras de solo rizosférico das três amostras de P. regnellii coletadas em três sub-áreas das três áreas de manejo [Sistema de produção de corte (C), de leite (L) e pivô central (P)]. O DNA total, após avaliação da qualidade e quantidade, foi empregado como molde na amplificação pela reação em cadeia da polimerase (PCR) com os oligonucleotídeos iniciadores que amplificam na região V4 do gene 16S rRNA (515FBCXX e 806R). Estes amplicons, serão posteriormente submetidos a reações de sequenciamento na plataforma IonProton e, as sequencias geradas serão comparadas utilizando programas específicos. Até o momento, já foram estabelecidas as condições de reação para o emprego de 10 combinações de iniciadores com código de barras das 27 combinações necessárias, sendo que somente duas amostras foram amplificadas até o momento (C1.1 e C2.1). Com este estudo será possível não só caracterizar a comunidade bacteriana associada às raízes de P. regnellii como também identificar os grupos mais abundantes e, que poderiam ser estudados com mais profundida com vistas a produção de um biofertilizante.