Análise molecular de diazotróficos em braquiária utilizando-se a estratégia de clonagem e sequenciamento do gene nifH

Resumo

O uso de técnicas moleculares e os avanços no sequenciamento de genes potencializaram a obtenção e interpretação de dados sobre a diversidade de microrganismos nos mais diversos ambientes. Este trabalho teve como objetivo identificar bactérias diazotróficas presentes na rizosfera de pastagens de Brachiaria utilizando-se a estratégia de clonagem e sequenciamento do gene nifH. Foram coletadas amostras de duas pastagens em Valença-RJ e duas em Planaltina-GO. O DNA total do solo foi extraído e o gene nifH foi amplificado por PCR. Os produtos amplificados foram purificados e clonados em Escherichia coli JM109. Os clones obtidos foram submetidos à reação de sequenciamento e as sequências foram comparadas com as presentes no GenBank, utilizando-se a ferramenta BLAST-N para identificação das sequências de nifH mais próximas. Considerando o primeiro hit do BLAST-N, a maior parte das sequencias dos clones (94 %) teve identidade com sequencias de bactérias não cultivadas, enquanto as restantes se agruparam à sequencias das ordens Rhizobiales (4,5%) Azospirialles (1%) e Burkholderiales (0,5%). Considerando-se o primeiro hit correspondente a uma sequência proveniente de uma bactéria cultivada, foram encontradas sequencias afiliadas a Bradyrhizobium sp. (52%), Azospirillum sp. (25%), Rhodopseudomonas sp. (5,22%), Desulfovibrio sp. (3,35%), Paenibacillus sp. (2,98%), Burkholderia sp. (2,62%), e outros grupos (<1,5%). Esta análise mostrou uma prevalência de clones com identidade com Bradyrhizobium sp. em todas as bibliotecas, sugerindo que este grupo deva ter um papel importante para a cultura de braquiária no Brasil. Além disso, esta foi a primeira vez que se detectou sequencias de Bradyrhizobium em amostras de rizosfera de braquiária.