Estratégia independente de cultivo para estudo de bactérias endofíticas da cana-de-açúcar

Resumo

A cana-de-açúcar é uma gramínea de grande importância econômica, sendo esta uma planta rica em bactérias endofíticas, dentre as quais fixadoras de nitrogênio. Estas habitam naturalmente o interior dos tecidos da planta, promovendo a modulação do crescimento e desenvolvimento vegetal, porém muitas destas não são cultiváveis. Portanto, estratégias independentes de cultivo são essenciais para melhor compreender sua diversidade genética e suas características funcionais. O estudo metagenômico da microbiota endofítica representa atualmente um desafio, devido ao baixo número de células bacterianas em relação à planta hospedeira. Neste trabalho, foi estabelecido um procedimento de enriquecimento celular, independente de cultivo, a partir de base de colmo de cana-de-açúcar. Os resultados mostram que o material resultante do procedimento estabelecido contém células bacterianas viáveis formadoras de colônias, que podem inclusive ser visualizadas por microscopia de campo claro ou pelo teste de Gram. Análises da presença de DNA confirmaram a eliminação do material vegetal, visto que não foi possível visualizar, em gel de agarose, qualquer banda desse material em contraste com o DNA extraído diretamente por método convencional. Ao se utilizar um controle interno (células de Escherichia coli) no procedimento, seu DNA foi eficientemente purificado. Estes resultados indicam que o procedimento estabelecido de enriquecimento celular permite obter DNA bacteriano intacto e livre de contaminação por DNA vegetal. A partir de análises de sequenciamento de DNA em larga escala das amostras obtidas, espera-se construir um perfil do microbioma endofítico da cana-de-açúcar e a identificação de funções úteis benéficas, abrindo possibilidade para futuras aplicações agrobiotecnológicas.